pythongpu加速数据科学|计算距离矩阵在用cupy时快了约100倍

叶庭云 叶庭云     2023-02-01     356

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一、环境配置

利用 cuPy 的 cupyx.scipy.spatial.distance 方法计算距离矩阵时,这个 distance 模块使用 pylibraft 作为后端,因此还需要安装好 pylibraft package 才行,可以直接从 Conda 安装,链接为:https://anaconda.org/rapidsai/pylibraft

也可以用 pip install 安装 pylibraft-cu11cupy-cuda11x(注意:我本地 CUDA 版本为 11.3,因此选择 pylibraft-cu11 与 cupy-cuda11x&#

为啥 np.hypot 和 np.subtract.outer 与香草广播相比非常快?使用 Numba 并行加速 numpy 进行距离矩阵计算

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矩阵乘法加速器的设计框架

以往我分析了一些AI加速器的设计,包括TPU,FSD,华为达芬奇等,无一例外都是从已经给出的设计出发,去分析其优缺点和应用范围。在之前的文章中,关于这些设计是如何完成的,其背后是否有一定设计原则和理念的内容均没... 查看详情

matlab中已知协方差矩阵,怎样算相关系数?

...设计的高科技计算环境。它将数值分析、矩阵计算、科学数据可视化以及非线性动态系统的建模和仿真等诸多强大功能集成在一个易于使用的视窗环境中,为科学研究、工程设计以及必须进行有效数值计算的众多科学领域提供了... 查看详情

地图距离矩阵:如何迭代数据框中的行序列并计算距离

】地图距离矩阵:如何迭代数据框中的行序列并计算距离【英文标题】:GmapsDistanceMatrix:Howtoiterateoversequenceofrowsindataframeandcalculatedistance【发布时间】:2019-07-0521:27:35【问题描述】:当我问我的问题时,请查看随附的快照。我有一... 查看详情

如何计算质心和数据矩阵之间的距离(用于 kmeans 算法)

】如何计算质心和数据矩阵之间的距离(用于kmeans算法)【英文标题】:Howtocomputedistancesbetweencentroidsanddatamatrix(forkmeansalgorithm)【发布时间】:2015-01-2020:08:56【问题描述】:我是聚类和R的学生。为了更好地掌握两者,我想计算每... 查看详情

matlab怎么表示一个矩阵的转置?

...是美国MathWorks公司出品的商业数学软件,用于算法开发、数据可视化、数据分析以及数值计算的高级技术计算语言和交互式环境,主要包括MATLAB和Simulink两大部分。2、MATLAB是matrix&laboratory两个词的组合,意为矩阵工厂(矩阵实... 查看详情

如何计算两个矩阵的两两行距(欧氏距离)

如何计算两个矩阵的两两行距(欧氏距离),如A为3*2的矩阵,B为4*2的矩阵,现需要矩阵C为3*4的矩阵,其中Cij为A的第i行与B的第j行的距离这算什么问题,直接计算不就好了?把B转置一下就和A乘就成了。matlab中这么计算C=A*B‘;... 查看详情

使用加速度计计算距离

】使用加速度计计算距离【英文标题】:calculatingdistancesusingaccelerometer【发布时间】:2013-07-0812:12:10【问题描述】:在阅读了许多论坛旁边关于如何根据加速度数据测量距离的研究和论文之后我找到了双重积分方法,但与此方法... 查看详情

如何计算大地理距离矩阵

...间】:2018-02-1018:39:55【问题描述】:我有一个ID和坐标的数据框。我需要计算我所有id之间的地理距离,删除彼此相距太远的那些,然后继续我的分析。我有30k个ID,这将生成一个30kx30k矩阵。这是一个示例:latitudelongitudeid-23.52472-... 查看详情

pyspark 计算稀疏向量的距离矩阵

...量(长度为250k的100k向量)的距离矩阵。在我的示例中,数据以scipycsr矩阵表示。这就是我正在做的:首先,我定义了一种将csr行转换为pysparkSparseVectors的方法: 查看详情

使用距离矩阵计算 Pandas Dataframe 中行之间的距离

...发布时间】:2013-12-1616:29:15【问题描述】:我有以下Pandas数据框:In[31]:importpandasaspdsample=pd.DataFrame(\'Sym1\':[\'a\',\'a\',\'a\ 查看详情

如何用matlab生成分类用的二维模拟数据

...是美国MathWorks公司出品的商业数学软件,用于算法开发、数据可视化、数据分析以及数值计算的高级技术计算语言和交互式环境,主要包括MATLAB和Simulink两大部分。  MATLAB是matrix&laboratory两个词的组合,意为矩阵工厂(矩阵实... 查看详情

数据科学包——numpy

numpy.array属性维数:.ndim形状:.shape总元素个数:.size创建数组元素在指定范围的数组np.arange()#类似range可选参数step全零数组np.zeros((形状))全一数组np.ones((形状))改变数组形状(浅拷贝)array.reshape()基础运算加减乘除相等等基本运... 查看详情

matlab中如何定义一个矩阵。。

...是美国MathWorks公司出品的商业数学软件,用于算法开发、数据可视化、数据分析以及数值计算的高级技术计算语言和交互式环境,主要包括MATLAB和Simulink两大部分。MATLAB是matrix&laboratory两个词的组合,意为矩阵工厂(矩阵实验室... 查看详情

matlab计算数据各种距离矩阵(欧式距离加权欧式距离...)(代码片段)

...;其命令格式如下:d=pdist(X,distance)参数其中X是输入数据(矩阵),即观测矩阵,X的每行为样品的观测数据,每列为观测指标,distance参数代表距离类型(默认欧式距离),各种距离如下&#x... 查看详情

减少 nxn 点的距离矩阵的计算

...7-11-0812:21:05【问题描述】:我有一个带有纬度和经度点的数据框(大约1m)。我想计算每个点相对于所有其他点的半正弦距离。示例:importhaversinelat1=40.5;lat2=42;long1=-90;long2=-93print(haversine.di 查看详情

python科学计算库numpy—矩阵运算(代码片段)

...心是矩阵及其运算。使用array()函数可以将python的array_like数据转变成数组形式,使用matrix()函数转变成矩阵形式。基于习惯,在实际使用中较常用array而少用matrix来表示矩阵。然后即可使用相关的矩阵运算了 importnumpyasnpa=[[1,2,3... 查看详情

如何给 sns.clustermap 一个预先计算的距离矩阵?

...阵并做一堆SciPy的东西。我想试试Seaborn但Seaborn想要我的数据是矩形的(行=样本,列=属性,而不是距离矩阵)?我本质上想使用seaborn作为后端来 查看详情