关键词：
【中文标题】包内的 Rcpp omp_set_num_threads【英文标题】：Rcpp omp_set_num_threads within a package 【发布时间】：2019-02-15 19:09:09 【问题描述】：我使用 Rcpp 和 OpenMP 编写了以下简单示例，当我从 RStudio 获取 cpp 文件时，它可以正常工作：
#include <Rcpp.h>
#include <omp.h>
// [[Rcpp::plugins(openmp)]]
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
NumericMatrix my_matrix(int I, int J, int nthreads)
NumericMatrix A(I,J);
int i,j,tid;
omp_set_num_threads(nthreads);
#pragma omp parallel for private(i, j, tid)
for(int i = 0; i < I; i++)
for(int j = 0; j < J; j++)
tid = omp_get_thread_num();
A(i,j) = tid ;
return A;
/*** R
set.seed(42)
my_matrix(10,10,5)
*/
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[2,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[3,] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
[4,] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
[5,] 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
[6,] 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
[7,] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
[8,] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
[9,] 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4
[10,] 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4
但是，如果我创建一个包，相同的代码将无法按预期工作：
> rcpphello::my_matrix(10,10,5)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[2,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[3,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[4,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[5,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[6,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[7,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[8,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[9,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
[10,] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
如果我从包中调用相同的代码，为什么只使用一个线程？如果有帮助，我将所有代码推送到this github repo
【问题讨论】：
在我看来，标准的 OpenMP 环境变量设置控制着它。当然，还有帮助程序包RhpcBLASctl。哦，我看你有电话。那么@coatless 是完全正确的。 两个警告：不要使用来自Rcpp 的数据结构进行并行处理。不过可以使用来自RcppParallel 的那些。 R 对矩阵使用列主要布局。一般来说，最好在您的代码中遵循这一点。
@ralf-stubner 你能告诉我你对RcppParallel的答案吗？我刚开始学习这些东西，很高兴看到您的答案得到实施。
【参考方案1】：
添加到src/Makevars 和src/Makevars.win：
PKG_CXXFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)
这会启用-fopenmp 标志。否则，您最终不会在您的包中启用 OpenMP。
注意：使用时：
// [[Rcpp::plugins(openmp)]]
当使用sourceCpp() 运行时，这仅设置-fopenmp 参数。此选项不转移到包中。因此，我们必须在Makevars和Makevars.win中建立设置。
一个简短的例子可以在这里找到：
https://github.com/r-pkg-examples/rcpp-and-openmp
不过，我需要稍微清理一下。
【讨论】：
【参考方案2】：@coatless 已经回答了这个问题。我想补充一点：不要在并行代码中使用来自 R 或 Rcpp 的数据结构。不过，您可以使用RcppParallel：
#include <Rcpp.h>
// [[Rcpp::plugins(openmp)]]
#include <omp.h>
// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
#include <RcppParallel.h>
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
NumericMatrix my_matrix(int I, int J, int nthreads)
NumericMatrix A(I,J);
// create a thread safe accessor for A
RcppParallel::RMatrix<double> a(A);
int tid;
omp_set_num_threads(nthreads);
#pragma omp parallel for private(tid)
for(int j = 0; j < J; j++)
for(int i = 0; i < I; i++)
tid = omp_get_thread_num();
a(i, j) = tid ;
return A;
/*** R
set.seed(42)
my_matrix(12,10,5)
*/
请注意，我还更改了对列专业的访问权限，并删除了i 和j 的附加声明。请注意，在 parallel 部分中声明的变量自动是私有的。
如果你想使用 R 的 RNG（因为你正在设置种子），还有另一个“不要那样做”。查看类似 sitmo 或 dqrng 的包，这些包可以用于并行代码的 RNG。
【讨论】：
非常感谢@ralf-stubner。如果函数声明了NumericMatrix A(I,J);，您能否解释一下RcppParallel::RMatrix<double> a(A); 行在做什么以及为什么要执行a(j, i)？如果我使用您的代码 R 调用 my_matrix(12,10,5) 会崩溃
@Ignacio 该行为A 创建了一个线程安全的访问器。有关更多信息，请参阅链接的 RcppParallel 文档。感谢您检查非方阵。那确实是头脑简单。切换到列主要访问权限的问题现已修复。如何编译包内的两个程序？
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