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【中文标题】将因子映射到 heatmap.2 中的颜色【英文标题】：Mapping factors to colors in heatmap.2 【发布时间】：2013-08-02 11:12:28 【问题描述】：您好，我正在使用 heatmap.2 在 R 中制作热图。我想使用 RowSideColors 选项。但是，我不知道如何轻松地为行创建颜色向量。
这些行代表细菌，我有一个数据框，其中包含我想用于着色的细菌信息。我将使用 Bact_Phylo_Info$Phylum 或 k 来创建颜色矢量。
> str(Bact_Phylo_Info)
'data.frame': 33 obs. of 3 variables:
$ Phylum: Factor w/ 7 levels "Actinobacteria",..: 4 3 3 2 2 2 2 2 5 5 ...
$ Order : Factor w/ 10 levels "Bacteroidales",..: NA 4 4 1 1 1 1 1 NA 5 ...
$ Family: Factor w/ 13 levels "Anaplasmataceae",..: NA 4 4 NA 11 2 11 12 NA NA ...
我已经尝试了一些东西，例如下面的疯狂循环，但我认为一定有一种我错过的简单方法。任何帮助表示赞赏。
BactPhyColors <- sapply(Bact_Phylo_Info$Phylum,
if (Bact_Phylo_Info$Phylum == levels(Bact_Phylo_Info$Phylum)[i]),
rainbow(length(levels(Bact_Phylo_Info$Phylum)))[i]
)
【问题讨论】：
【参考方案1】：如果我很好地理解了您尝试做的事情：您将一个变量编码为一个因素，然后您尝试将其转换为颜色？ 正在创建一些离散的刻度颜色吗？
这里我使用来自scales 包的brewer_pal 来创建啤酒调色板。然后将其与因子变量合并。
library(scales)
dat <- data.frame(Phylum = gl(7,2))
n <- nlevels(dat$Phylum)
dat.col <- data.frame(Phylum =unique(dat$Phylum),
BactPhyColors =brewer_pal()(n)) ## you can also use rainbow(n)
merge(dat,dat.col)
merge(dat,dat.col)
Phylum BactPhyColors
1 1 #EFF3FF
2 1 #EFF3FF
3 2 #C6DBEF
4 2 #C6DBEF
5 3 #9ECAE1
6 3 #9ECAE1
7 4 #6BAED6
8 4 #6BAED6
9 5 #4292C6
10 5 #4292C6
11 6 #2171B5
12 6 #2171B5
13 7 #084594
14 7 #084594
【讨论】：
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