正文 

当前位置： 首页 > 源码 >

将 numba.jit 与 scipy.integrate.ode 一起使用

     2023-03-12     44

关键词：

【中文标题】将 numba.jit 与 scipy.integrate.ode 一起使用【英文标题】：Using numba.jit with scipy.integrate.ode 【发布时间】：2015-12-21 01:42:44 【问题描述】：

使用numba.jit 从scipy.integrate 加速右侧计算odeint 工作正常：

from scipy.integrate import ode, odeint
from numba import jit

@jit
def rhs(t, X):
    return 1

X = odeint(rhs, 0, np.linspace(0, 1, 11))

但是像这样使用integrate.ode：

solver = ode(rhs)
solver.set_initial_value(0, 0)
while solver.successful() and solver.t < 1:
    solver.integrate(solver.t + 0.1)

使用装饰器@jit 产生以下错误：

capi_return is NULL
Call-back cb_f_in_dvode__user__routines failed.
Traceback (most recent call last):
  File "sandbox/numba_cubic.py", line 15, in <module>
    solver.integrate(solver.t + 0.1)
  File "/home/pgermann/Software/anaconda3/lib/python3.4/site-packages/scipy/integrate/_ode.py", line 393, in integrate
    self.f_params, self.jac_params)
  File "/home/pgermann/Software/anaconda3/lib/python3.4/site-packages/scipy/integrate/_ode.py", line 848, in run
    y1, t, istate = self.runner(*args)
TypeError: not enough arguments: expected 2, got 1

任何想法如何克服这个问题？

【问题讨论】：

没有jit 是否可以工作？您的 rhs 接受参数、求解器变化的 t 以及您提供的 X（通过额外的参数元组）。 是的，没有jit 它可以正常工作。额外参数元组是什么意思？ 我也有类似的问题。 【参考方案1】：

我不知道原因或解决方案，但在这种情况下，Theano 有助于加快计算速度。 Theano 本质上会编译 numpy 表达式，因此只有当您可以将 rhs 编写为多维数组的表达式时它才会有所帮助（而 jit 知道 for 和朋友们）。它还知道一些代数并优化计算。

除了 Theano 可以为 GPU 编译（这是我首先尝试numba.jit 的原因）。然而，由于开销，使用 GPU 只能提高大型系统（可能是一百万个方程）的性能。

【讨论】：

【参考方案2】：

您可以使用包装函数，但我认为它不会提高小型 rhs 函数的性能。 

@jit(nopython=True)
def rhs(t, X):
    return 1

def wrapper(t, X):
    return rhs(t, X)

solver = ode(wrapper)
solver.set_initial_value(0, 0)
while solver.successful() and solver.t < 1:
solver.integrate(solver.t + 0.1)

【讨论】：

调用 numba jit 函数时，cProfile 会增加大量开销

】调用numbajit函数时，cProfile会增加大量开销【英文标题】：cProfileaddssignificantoverheadwhencallingnumbajitfunctions【发布时间】：2018-12-2507:40:09【问题描述】：将纯Python无操作函数与以@numba.jit修饰的无操作函数进行比较，即：importnumba@nu... 查看详情

numba - guvectorize 几乎比 jit 快

】numba-guvectorize几乎比jit快【英文标题】：numba-guvectorizebarelyfasterthanjit【发布时间】：2017-06-0719:47:03【问题描述】：我试图并行化在许多独立数据集上运行的蒙特卡洛模拟。我发现numba的并行guvectorize实现仅比numbajit实现快30-40%。... 查看详情

Numba：@jit 中的并行标志在我的带有 numpy 2D 数组的代码中不起作用

】Numba：@jit中的并行标志在我的带有numpy2D数组的代码中不起作用【英文标题】：Numba:parallelflagin@jitdoesnotworkinmycodewithnumpy2Darrays【发布时间】：2022-01-1703:48:59【问题描述】：首先，我问了这个问题Numba:Whyguvectorizeissoslow?。当我发现... 查看详情

如何在一个简单的功能上 Cythonize / 允许 numba.jit：（在网络中查找三角形）

】如何在一个简单的功能上Cythonize/允许numba.jit：（在网络中查找三角形）【英文标题】：HowtoCythonize/allownumba.jitonasimplefunction:(FindingTrianglesinnetwork)【发布时间】：2021-09-1507:46:59【问题描述】：背景故事：我一直在寻找一种高性能... 查看详情

使用带有 numba njit 功能的字典

】使用带有numbanjit功能的字典【英文标题】：UsingDictionarieswithnumbanjitfunction【发布时间】：2019-07-3109:30:11【问题描述】：当输入和返回是字典时，如何使用numba加速函数？我熟悉将numba用于接受数字并返回数组的函数，如下所示：... 查看详情

numba安装和使用

numba是针对python加速的包，类似cython，pypy，优势是代码改动少首先要安装llvmliteapt-getinstallllvm-3.8LLVM_CONFIG=/usr/local/llvm38/3.8.1/lib/llvm-3.8/bin/llvm-configpipinstallllvmlite#看自己路径在哪程序里importnumba@numba.jit()装饰要加速的函数 查看详情

分析 numba 包装函数的覆盖率

】分析numba包装函数的覆盖率【英文标题】：Analyzingcoverageofnumba-wrappedfunctions【发布时间】：2015-01-0814:38:02【问题描述】：我写了apythonmodule，其中大部分都包裹在@numba.jit装饰器中以提高速度。我还为这个模块编写了很多测试，我... 查看详情

taichi的学习笔记(代码片段)

1感想南溪看了一些关于Taichi的资料，我感觉它就是“JIT+CUDA”的超强编译器，既具有“CUDA-C++”的超快速度，而且像numba.jit一样可以通过装饰器的方式使用，比较方便； 查看详情

php[将产品与社交共享插件集成]将社交共享插件与woocommerce集成-sharedaddy(代码片段)

查看详情

php[将产品与社交共享插件集成]将社交共享插件与woocommerce集成-sharedaddy(代码片段)

查看详情

php[将产品与社交共享插件集成]将社交共享插件与woocommerce集成-sharedaddy(代码片段)

查看详情

将 UIRefreshControl 与 QuickDialog 一起使用

】将UIRefreshControl与QuickDialog一起使用【英文标题】：UsingUIRefreshControlwithQuickDialog【发布时间】：2014-05-2614:48:10【问题描述】：应该如何将UIRefreshControl与QuickDialog(https://github.com/escoz/QuickDialog)一起使用？我解释文档的方式是，控件... 查看详情

将应用与现有主页连接

】将应用与现有主页连接【英文标题】：ConnectappwithexistingPage【发布时间】：2012-02-2202:24:47【问题描述】：我创建了一个Web应用程序，用于对我们页面上的用户进行身份验证，我想将它与现有页面连接，但找不到该选项。我只在... 查看详情

php[将产品与社交共享插件集成]将社交共享插件与woocommerce集成-分享此功能(代码片段)

查看详情

php[将产品与社交共享插件集成]将社交共享插件与woocommerce集成-分享此功能(代码片段)

查看详情

php[将产品与社交共享插件集成]将社交共享插件与woocommerce集成-分享此功能(代码片段)

查看详情

将图像与文本对齐[重复]

】将图像与文本对齐[重复]【英文标题】：Aligningimageswithtext[duplicate]【发布时间】：2014-11-0413:29:29【问题描述】：我无法将图像与文本对齐。我希望我的图像在左侧，内嵌文本在右侧，与图像垂直居中。<divclass="container"><sp... 查看详情

将 Apollo for iOS 与现有项目集成？

】将ApolloforiOS与现有项目集成？【英文标题】：IntegrateApolloforiOSwithalready-existingproject?【发布时间】：2020-05-0418:02:48【问题描述】：是否有关于如何将ApolloGraphQLSDK与现有iOS项目集成的指南？我已经有数百种数据类型，我需要将它... 查看详情