关键词：
序列标注常用模型CRF、HMM、MEMM简介及比对
隐马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM），最大熵马尔可夫模型（Maximum Entropy Markov Model，MEMM）以及条件随机场（Conditional Random Field，CRF）是序列标注中最常用也是最基本的三个模型。
生成式模型：联合概率P(Y, X) = P(Y|X) * P(X)=P(X|Y)*P(Y)
判别式模型：条件概率P(Y|X) = P(X|Y) / P(X)
从机器学习视角来看贝叶斯，假设分类问题中X可以理解为某特征，Y理解为某类。
P(“属于某类”|“具有某特征”)=在已知某样本“具有某特征”的条件下，该样本“属于某类”的概率。
P(“具有某特征”|“属于某类”)=在已知某样本“属于某类”的条件下，该样本“具有某特征”的概率。 所以叫做『后验概率』。
P(“属于某类”)=（在未知某样本具有该“具有某特征”的条件下，）该样本“属于某类”的概率。
P(“具有某特征”)= (在未知某样本“属于某类”的条件下，)该样本“具有某特征”的概率。所以叫做『先验概率』。
1）HMM是有向图模型，是生成模型；HMM有两个假设：一阶马尔科夫假设和观测独立性假设；但对于序列标注问题不仅和单个词相关，而且和观察序列的长度，单词
序列比对及bam、sam文件
参考技术A序列比对后的文件存在SAM文件中，序列比对软件有bwa等。一般我们现在不保存SAM文件，而是直接在bwa比对完之后用samtools生成BAM文件什么叫BAM文件呢，他其实就是SAM文件的二进制文件（BinarySAM），大小只有SAM文件的大约... 查看详情
nlp语义标注模型数据准备及实战
NLP语义标注模型数据准备及实战目录NLP语义标注模型数据准备及实战流程示例代码示例 查看详情
时间序列分析arma模型原理及pythonstatsmodels实践（下）(代码片段)
目录4.ARMA模型预测销量实践4.1.统计分析包statsmodels4.2.常用函数概述4.2.1.绘制自相关、偏自相关图4.2.2.白噪声检验4.2.3.单位根检验4.2.3.1.单位根如何确定数据是否平稳？4.2.4.选定模型参数4.2.5.ARIMA模型函数4.2.5.1.常用方法4.2.5.2.... 查看详情
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samtools的用法简介
...排序比对index:索引排序比对faidx:建立FASTA索引，提取部分序列tview:文本格式查看序列pileup:产生基于 查看详情
bam比对flag说明以及提取未必对上的reads
参考技术Aflag1：代表这个序列采用的是PE双端测序2：代表这个序列和参考序列完全匹配，没有插入缺失4：代表这个序列没有mapping到参考序列上8：代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2... 查看详情
easynlp简介
...gingface/transformers的模型；AppZoo支持文本分类，文本匹配，序列标注等任务。工具：支持小样本训练：ContrastivePromptTuning。 查看详情
多重比对multiplealignment
之前只接触过双序列比对，现在需要开始用多序列比对了。基本概念：多序列比对-百科常用的multiplealignment软件：MuscleClustalWT-coffee软件之间的比较见文章：Muscle,ClustalW和T-coffee的简单比较 查看详情
redis数据库的简介部署及常用命令(代码片段)
Redis数据库的简介、部署及常用命令前言一、关系数据库与非关系型数据库概述1、关系型数据库2、非关系型数据库3、关系数据库与非关系型数据库区别（1）数据存储方式不同（2）扩展方式不同（3）对事... 查看详情
使用mafft进行多序列比对
参考技术A多序列比对（多序列联配，Multiplesequencealignment，MSA）是指把多条（3条或以上）有系统进化关系的蛋白质分子的氨基酸序列或核酸序列进行比对，尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一列上。这样做的意义是，对... 查看详情
arcgis风暴arcgis标注和注记的区别及用法案例详解(代码片段)
ArcGIS中地图文字信息有两种表达方式：标注（Label）和注记（Annotation）。本文详细说明ArcGIS中标注和注记的区别及用法。文章目录一、标注的用法1.标注简介2.标注工具3.标注属性默认设置4.标注分类5.多属性字段标注6.分式标注7.... 查看详情
各领域公开数据集简介及下载使用方式(代码片段)
...数据集）持续更新中... 本篇博客主要介绍各领域常用的数据集及下载使用方式。1.ImageNet ImageNet是深度学习视觉方面最经典的一个数据集，由斯坦福大学教授李飞飞为了解决机 查看详情
序列标注（bilstm-crf/latticelstm）
...mer三种特征提取器，这一节我们将介绍如何使用BiLSTM实现序列标注中的命名实体识别任务，以及Lattice-LSTM的模型原理。本文提到的模型在我的Github中均有相应代码实现（LatticeLSTM之后更新）BiLSTM对于LSTM我就不再多做介绍了，想要... 查看详情
利用mega-x选择模型及构建美化进化树
...EGA-X后，首先打开软件。 此处我们以一株细菌的16SrRNA序列为目标序列，首先在NCBI中进行Blast比对，下载将要一起比对建树的菌株序列。在NCBI中输入序列或者上传文件，选择数据库时可以选择「Nucleotidecol 查看详情
lvm简介及常用管理
LVM简介及常用管理1. LVM简介LVM是LogicalVolumeManager（逻辑卷管理）的简写，它是Linux环境下对磁盘分区进行管理的一种机制。普通的磁盘分区管理方式在逻辑分区划分好之后就无法改变其大小，当一个逻辑分区存放不下某个文件... 查看详情
dna/rna序列比对软件整理
...量短小片段与参考基因组之间的定位比对。需要先对参考序列建建立索引，BWA也是基于BWT和FM-Index理论来对参考基因组做索引。根据测序方法的不同，有单末端序列(Single-end，SE)比对和双末端序列(Pair-end，PE)比对。bowtie出现在测... 查看详情
10在线blast比对结果解析
...P摘要: NCBIBLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程，常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计。 ncbiblast比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款 查看详情
html(简介及常用标签)
一、HTML简介1.1html是什么？超文本标记语言（HypertextMarkupLanguage，HTML）通过标签语言来标记要显示的网页中的各个部分。一套规则，浏览器认识的规则。浏览器按顺序渲染网页文件，然后根据标记符解释和显示内容。但需要注意... 查看详情