r语言与医学统计图形-17ggplot2几何对象之热图(代码片段)

关键词：

ggplot2绘图系统——heatmap、geom_rect

这里不介绍更常见的pheatmap包。

1.heatmap函数

基础包。

data=as.matrix(mtcars)
#接受矩阵
heatmap(data)
heatmap(data,scale = 'column')

heatmap(data,scale = 'column',
        col=terrain.colors(256),
        Colv = NA,
        Rowv = NA)

2.geom_tile

ggplot2
中，热图可看作若干个小矩形组成。其几何对象就是rect（矩形）或tile（瓦片），两者效果相同。

mydata <- data.frame(year=2000:2015,lung=runif(16),
                     liver=runif(16),bone=runif(16),
                     luk=runif(16),eso=runif(16),gas=runif(16),
                     eye=runif(16),brain=runif(16),pan=runif(16),
                     kidney=runif(16),breast=runif(16))
mydata2 <- reshape(mydata,varying = list(names(mydata)[-1]),
                   timevar = 'cancer',direction = 'long',
                   times = names(mydata)[-1])
ggplot(mydata2,aes(x=year,y=cancer))+
  geom_tile(aes(fill=lung))+ #瓦片图
  coord_polar(theta = 'y',start = 0.25)+ #极坐标转换
  scale_fill_gradient(low = 'white',high = 'red')+
  guides(fill=guide_colorbar(title = '肿瘤发病率'))

r语言与医学统计图形-11ggplot2几何对象之散点图(代码片段)

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r语言与医学统计图形-14ggplot2几何对象之直方密度图(代码片段)

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r语言与医学统计图形-12ggplot2几何对象之条图(代码片段)

ggplot2绘图系统——几何对象之条图（包括误差条图）1.条图格式：geom_bar(mapping=,data=,stat='count',#统计变换默认计数position='stack',#默认堆栈width=,#条形宽度binwidth=,na.rm=FALSE,show.legend=,inherit.aes=TRUE)positon:dodge并排fill堆叠填... 查看详情

r语言与医学统计图形-16ggplot2几何对象之标签与文本(代码片段)

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r语言与医学统计图形-过渡函数qplot(代码片段)

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r语言与医学统计图形-10ggplot2图形映射(代码片段)

ggplot2绘图系统——图形映射颜色的映射。#aes中映射变量ggplot()+geom_point(aes(x=carat,y=price,color='blue'),#color视为单一变量data=dsmall)#映射外的颜色ggplot()+geom_point(aes(x=carat,y=price),data=dsmall,color='blue')#加I函数后，不管位置#同... 查看详情

如何使用ggplot2

R语言高阶可视化绘图系统：ggplot2入门ggplot2是《TheGrammarofGraphics》/《图形的语法》中提出了一套图形语法，将图形元素抽象成可以自由组合的要素，类似Photoshop中的图层累加，ggplot2将指定的元素/映射关系逐层叠加，最终形成所... 查看详情

r语言ggbio包使用方法

...置第五步：标签信息和图例信息第六步：选择合适的主题ggplot2的语法包括10个部件。数据（data）映射（mapping）几何对象（geom）标度（scale）统计变换（stats）坐标系（coord）位置调整（Positionadjustments）分面（facet）主题（theme）... 查看详情

r语言绘图——数据可视化ggplot2介绍和主要的参数

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r语言与医学统计图形-31动态交互绘图(代码片段)

1.plotly包动态散点图library(plotly)#交互散点图plot_ly(data=iris,x=~Sepal.Length,y=~Petal.Length,marker=list(size=10,color='rgba(255,182,193,.9)',line=list(color='rgba(152,0,0,.8)',width=2)))%>%layout(title='StyledScatter',yaxis=list(zeroline=FALSE),xaxis=list(ze... 查看详情

r语言与医学统计图形-32海盗图词云图日历图(代码片段)

1.海盗图参数众多，其语法与基础包类似。基础图。#devtools::install_github('ndphillips/yarrr')#install.packages('yarrr')library(yarrr)#基本海盗图str(pirates)pirateplot(formula=age~favorite.pirate,data=pirates,xlab='FavoritePirate',ylab='Age',ma... 查看详情

r语言ggplot2可视化在轴标签中添加上标（superscript）和下标（subscript）实战(代码片段)

R语言ggplot2可视化在轴标签中添加上标（Superscript）和下标（subscript）实战library(ggplot2)qplot(uptake,data=CO2)+xlab(bquote(\'Assimilation(\'*mu~\'mol\'~CO[2]~m^-2~s^-1*\')\'))ggplot2是一个用来绘制统计图形或数据图形的R包。与大多数其他图形软件包... 查看详情

1.ggplot2——简介

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...图开始讲解，深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。本次课程所用的配套书籍是：《RGraphicCookbooks》除了以上的基本图形外，... 查看详情

有哪些关于r语言的书值得推荐

...推荐学习R本身的作图系统，实在是太不友好了.....还是用ggplot2吧。掌握了上面的，就可以深入一些了，如果是做数据分析和可视化，推荐《ggplot2：数据分析与图形艺术》，这个才是作图的神器啊.....如果是空间分析相关的，推... 查看详情

r语言ggplot2可视化在图形中添加箭头：直线箭头弧形箭头

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r语言之ggplot

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